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상속·증여·세금

실손으로 돌려받은 병원비, 연말정산 의료비 공제에서 빼야 할까?

실손보험으로 돌려받은 병원비는 연말정산 의료비 세액공제 대상에서 빼야 해요.

  • 실손으로 받은 돈은 왜 의료비 공제에서 빠지나요?
  • 어떤 보험금을 빼야 하나요?
  • 실손으로 받은 금액은 어디서 확인하나요?
  • 간소화 화면에 실손 금액이 보이면 저절로 빠지나요?
  • 빼고 나면 공제는 어떻게 계산되나요?
  • 이미 빼지 않고 공제받았다면 어떻게 하나요?
  • 병원비를 낸 해와 보험금을 받은 해가 다르면 어떻게 하나요?

실손으로 받은 돈은 왜 의료비 공제에서 빠지나요?

의료비 세액공제는 내가 실제로 부담한 병원비에만 해 주는 공제예요. 실손보험이 돌려준 부분은 내가 부담하지 않은 돈이라서 빠져요. 예를 들면 이래요.

구분금액(예시)
한 해 동안 낸 병원비300만 원
실손보험으로 돌려받은 금액120만 원
의료비 공제를 받을 수 있는 금액180만 원

공제 대상은 근로자가 직접 부담한 의료비예요. 보험회사 등에서 받은 실손의료보험금은 빼도록 정해져 있어요(소득세법 시행령 제118조의5 제1항, 2026년 10월 현재). 표의 금액은 설명을 위해 정한 숫자예요.

어떤 보험금을 빼야 하나요?

빼야 하는 것은 실손의료보험금이에요. 실손보험은 실제로 쓴 병원비를 기준으로 돌려주는 보험이에요.

받은 돈공제 대상 의료비에서
보험회사에서 받은 실손의료보험금빼요
수협·신협·새마을금고 공제, 여러 공제회, 우정사업본부에서 받은 실손의료보험금빼요
회사 단체실손에서 받은 돈보험회사가 지급했다면 빼는 것으로 보여요
진단비·수술비처럼 정해진 금액을 주는 보험금빼라는 대상으로 적혀 있지 않아요

법령은 누가 지급했는지로 범위를 정할 뿐, 단체실손을 따로 적지는 않았어요(소득세법 시행령 제216조의3 제7항). 그래서 단체실손은 딱 잘라 말하기 어려워요.

실손으로 받은 금액은 어디서 확인하나요?

실손으로 받은 금액은 홈택스 연말정산간소화 서비스의 의료비 항목에서 조회할 수 있어요. 홈택스에 로그인한 뒤 연말정산간소화의 소득·세액공제 자료조회에서 의료비를 열면 돼요.

보험회사는 이 지급 내역을 국세청에 내도록 정해져 있어요(소득세법 제165조 제1항, 2020년 12월 개정). 그래서 간소화 화면에서 함께 조회돼요.

부양가족이 받은 금액은 그 가족의 자료 제공 동의 절차를 거쳐야 조회돼요(국세청 해운대세무서 안내, 2020년 1월).

간소화 화면에 실손 금액이 보이면 저절로 빠지나요?

간소화 화면에 수령액이 보여도, 근로자가 그 금액을 확인해 공제받을 의료비에서 직접 빼요(국세청 국세상담센터 자주 묻는 질문, 2026년 10월 확인).

연말정산 때 할 일을 순서대로 놓으면 이래요.

순서할 일
1. 조회연말정산 간소화 서비스의 의료비 항목에서 병원비와 실손으로 받은 돈을 확인해요
2. 빼기공제받을 의료비에서 실손으로 받은 돈을 직접 빼요
3. 신고뺀 금액으로 회사에 내요. 따로 낼 증빙 서류는 없어요

회사 정산 프로그램이 이 금액을 알아서 빼 주는지는 국세청 안내에 나와 있지 않아요. 그래서 회사에 내는 공제 대상 의료비는 수령액을 뺀 금액이어야 해요.

빼는 금액이 정해지면 그다음은 공제 금액 계산이에요.

빼고 나면 공제는 어떻게 계산되나요?

실손으로 받은 금액을 뺀 병원비 가운데 총급여의 3%를 넘는 부분에 15%를 곱한 금액이 세금에서 빠져요(소득세법 제59조의4 제2항). 총급여는 한 해 받은 급여에서 비과세 소득을 뺀 금액이에요.

의료비 세액공제 계산 흐름도. 한 해 동안 낸 병원비에서 실손보험으로 돌려받은 금액을 뺀다. 남은 금액이 공제 대상 의료비가 된다. 그중 총급여의 3%를 넘는 부분만 남긴다. 거기에 15%를 곱한 금액이 세액공제액이다. 미용·성형수술 비용과 건강증진 의약품은 처음부터 빠진다.

실손으로 받은 금액은 3% 문턱을 넘는지 보기 전에 먼저 빠져요

3%라는 문턱이 있어서, 실손으로 빠지는 금액이 크면 공제가 아예 없을 수도 있어요.

부양가족 몫의 의료비는 연 700만 원까지만 공제 대상이 돼요. 본인, 65세 이상 가족, 6세 이하 자녀, 장애인 등을 위해 쓴 의료비에는 이 한도가 없어요.

미용·성형수술 비용과 건강증진을 위해 산 약은 처음부터 공제 대상이 아니에요(같은 시행령 제118조의5 제2항). 난임시술처럼 15%보다 높은 비율이 붙는 의료비도 따로 있어요.

이미 빼지 않고 공제받았다면 어떻게 하나요?

실손으로 받은 금액을 빼지 않고 공제받았다면 수정신고로 고칠 수 있어요. 수정신고는 이미 낸 신고를 바로잡아 다시 내는 것이에요. 연말정산으로 신고를 마친 근로자도 할 수 있어요(국세기본법 제45조 제1항).

신고기한은 다음 해 5월 31일이에요(소득세법 제70조). 이 기한 안에 바로잡아 신고하면 세금을 덜 신고한 것이 되지 않아요. 기한이 지난 뒤 고치면 덜 낸 세금의 10%가 과소신고가산세로 붙어요(국세기본법 제47조의3).

세무서가 먼저 알려 오기 전에 스스로 고치면 이 가산세가 줄어요. 줄어드는 폭은 신고기한이 지난 뒤 얼마나 빨리 고쳤는지로 정해져요(국세기본법 제48조 제2항).

신고기한이 지난 뒤 고친 시점덜 신고해서 붙는 가산세가 줄어드는 비율
1개월 안90%
1개월 넘고 3개월 안75%
3개월 넘고 6개월 안50%
6개월 넘고 1년 안30%
1년 넘고 1년 6개월 안20%
1년 6개월 넘고 2년 안10%

덜 낸 세금에는 늦게 낸 날수만큼 붙는 납부지연가산세도 따로 있어요(국세기본법 제47조의4). 병원비를 낸 해와 보험금을 받은 해가 다르면 가산세를 따지는 기준이 달라져요.

병원비를 낸 해와 보험금을 받은 해가 다르면 어떻게 하나요?

실손보험금은 그 보험금이 나오게 된 병원비를 낸 해의 의료비에서 빼요(국세청 국세상담센터 자주 묻는 질문, 2026년 10월 확인).

2025년에 낸 병원비로 공제를 받았는데 보험금은 2026년에 받았다면, 2025년 의료비에서 빼서 다시 신고해요.

병원비 낸 해와 보험금 받은 해가 다를 때의 처리 순서. 2025년에 병원비를 내고 연말정산에서 공제받는다. 2026년에 그 병원비에 대한 실손보험금을 받는다. 2025년 의료비에서 받은 금액을 빼고 2025년 신고를 수정신고한다. 가산세 없이 고치려면 2027년 5월 31일까지 고치고 가산세 감면 신청서를 낸다. 연도는 예시다.

고치는 신고는 보험금을 받은 해가 아니라 병원비를 낸 해의 것이에요

이 경우에는 보험금을 받은 해의 종합소득세 신고기한까지 고쳐 신고하고 감면 신청서를 내면 가산세를 물리지 않아요(국세기본법 시행령 제28조 제1항 제3호·제2항). 위 예라면 2027년 5월 31일까지예요.

근거 자료
  • 소득세법 제59조의4 제2항, 제70조 제1항, 제165조 제1항 (국가법령정보센터, 2026-10-12 확인)
  • 소득세법 시행령 제118조의5 제1항·제2항, 제216조의3 제7항 (국가법령정보센터, 2026-10-12 확인)
  • 국세기본법 제45조, 제47조의3, 제47조의4, 제48조 제2항 (국가법령정보센터, 2026-10-12 확인)
  • 국세기본법 시행령 제28조 제1항 제3호·제2항 (국가법령정보센터, 2026-10-14 확인)
  • 국세청 국세상담센터 자주 묻는 질문 「연말정산 의료비 공제」 실손의료보험금 항목 (2026-10-14 확인)
  • 국세청 해운대세무서 공지 「연말정산 관련 실손의료보험금 수령액 홈택스 조회 가능 안내」 (2020-01-16)

※ 이 글은 일반적인 제도·법령 정보이며, 개별 계약의 보장 여부는 가입 시기와 약관에 따라 달라질 수 있습니다.

배진현 최종 수정 2026-10-15